Um einen .htaccess Schutz zu erstellen, brauchst Du doch einfach nur eine .htaccess-Datei Deiner Wahl zu erstellen und dann alles hineinschreiben, was Du brauchst.
Root-Rechte sind nicht erforderlich und sicherheitstechnisch gibt es auch keine Bedenken dagegen (es sei denn, das Script kann auch wahllos .htaccess-Dateien wieder löschen)
Wenn Du es Dir ganz einfach machen willst, kannst Du auch htAdmin (
http://www.hido.net/) nehmen. Das ist ein PHP-Script, dass Deinen Anforderungen gerecht werden sollte...