Wieso soll sich windows und apache nicht vertragen....??
Ob jemand windows als webserver nimmt oder nicht bleibt jedem selbst überlassen....
Die Frage sollte halt die sein, du schreibst das du auf dem Rechner auch noch andere Anwendungen benötigst....
Prinzipiell sollten auf deinem WebServer eigentlich nur webserverapplikationen sein.... Da fallen mir nur wenige ein welche sich unter einem unixSystem nicht bilden lassen....
Um was für applikationen handelt es sich denn
Eine Dokumentation zu iis findest du hier
http://www.microsoft.com/windows2000/en/server/iis/