geschafft!
ich habe einfach mal die reihenfolge der pattern geändert :-)
PHP-Code:
$regex = array( "%[[(.+)](.+)]%Use" , "%[[(.+)]]%Use" );
$replace = array( 'make_a_link( "$1" , "$2" )' , 'make_a_link( "$1" )' );
$string = preg_replace( $regex , $replace , $string );