Du kannst theoretisch über 65.000 MySQL-Server auf einem Server parallel betreiben, auch wenn es Schwachsinn wäre.
Du musst nur auf 2 Dinge achten: jeder Server braucht seine eigenen Dateien und Ports.
Welche Ports standardmäßig vergeben werden steht da:
-->
http://www.iana.org/assignments/port-numbers
Also einfach dafür sorgen, dass jedes System seine eigenen Dateien zum Beschreiben hat und jeder Server an einem anderen Port lauscht. Dann klappt's auch mit dem MySQL-MSSQL-PervasiveSQL-Server.