Dafür verwendest du am besten mcrypt.
Siehe dazu:
http://selfphp.de/kochbuch/kochbuch.php?code=80
http://selfphp.de/kochbuch/kochbuch.php?code=81
Aber vielleicht es einfach sinnvoller die Dateien dort abzulegen, wo sie von außen gar nicht erreichbar sind. Zum Beispiel ein Verzeichnis "höher" wie das "htdocs" oder einfach in einem Verzeichnis, welches du per htaccess schützt.
Gruß
Domi