ich schätze mal, du erstellst das JS per PHP. nun gibst du in der funktion einfach die variable weiter:
PHP-Code:
...
?><script language="javascript">
<!--
function xyz()
{
var variable;
variable = <?= $variable_aus_php; ?>;
... weiterer code ...
}
// -->
</script>
so kannst du eine variable auf php an JS weitergeben, danach kannste du diese ganz normal in der function xyz weiterverwenden!