[DokuLeseHemmung]

t aber er meinte er würde es kaufen :] ) <- dazu wäre fremdsoftware hinderlich

Bahnhof!
Du willst also verhindern, dass Käufer deine Software in ihre Projekte integrieren?
(zumindest wäre das der logische Schluss aus der Aussage)

was soll alles rein

Das kannst nur du wissen.

wie wäre der beste aufbau ect

Habe ich dir schon genannt!
Konsequent das Zend/PEAR Benennungsschema umsetzen.

http://www.php.net/manual/de/language.namespaces.php
http://pear.php.net/manual/de/pear2cs.rules.php
http://framework.zend.com/manual/de/...nventions.html
http://pear.php.net/manual/de/standards.naming.php