Zitat:
und die entsprechenden Indizes aktualisierten.
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Da scheint mir der Hase im Pfeffer zu liegen.
SELECTs warten nicht auf UPDATEs, ohne explizite LOCKs, es sei denn, es teilen sich alle Scripte die selbe persistente Verbindung.
Mit Transactions lässt was einrichten, bzw. Race Conditions abfangen.
Aber dadurch wirds auch nicht schneller.
Evtl. zeigt dir ja "EXPLAIN SELECT ....." etwas.